Matthias Mann studeerde natuurkunde en wiskunde aan de Georg August Universiteit in Duitsland. In 1988 promoveerde hij in de chemische technologie aan Yale University in de Verenigde Staten. Na een postdoctorale positie aan de Zuid-Deense Universiteit werd hij in 1992 groepsleider aan het Europees Laboratorium voor Moleculaire Biologie in Heidelberg. In 1998 werd hij benoemd tot hoogleraar bio-informatica aan de Zuid-Deense Universiteit en sinds 2005 is hij directeur van het Max-Planck Instituut voor Biochemie in Martinsried. Tegelijkertijd is hij sinds 2007 directeur van het proteomics-programma aan de Universiteit van Kopenhagen.
Krijgt Dr H.P. Heineken Prize for Biochemistry and Biophysics 2024 toegekend.