Ruedi Aebersold studeerde celbiologie aan de Universiteit van Basel in Zwitserland, waar hij ook promoveerde in de celbiologie. Na twee postdoctorale posities aan het California Institute of Technology werd hij in 1989 benoemd tot universitair hoofddocent aan de University of British Colombia in Vancouver. In 1993 vertrok hij naar Seattle, waar hij in 1998 werd benoemd tot hoogleraar moleculaire biotechnologie aan de Universiteit van Washington. In 2000 was hij daar medeoprichter van ’s werelds eerste Instituut voor Systeembiologie. In 2004 verhuisde hij terug naar Zwitserland en werd hij hoogleraar systeembiologie aan de technische universiteit ETH Zürich in Zwitserland.
Krijgt Dr H.P. Heineken Prize for Biochemistry and Biophysics 2024 toegekend.